68 Arbeiten
Die AlphaFold-Proteindatenbank wurde um 1,8 Millionen hochkonfidente Protein-Komplexe aus über 31 Millionen vorhergesagten homo- und heteromeren Strukturen erweitert, wodurch eine umfassende Ressource für die Erforschung von Protein-Interaktionen und deren funktioneller Bedeutung auf Proteomebene geschaffen wurde.
Die Studie beschreibt eine praktische, im biologischen Labor durchführbare Methode zur Herstellung funktionaler Perfluorpolyether-Fluortenside durch direkte Carbodiimid-Kupplung, die es Biologielaboren ermöglicht, maßgeschneiderte Tenside für verschiedene mikrofluidische Anwendungen wie Genom-Screening und Proteinkristallisation selbst herzustellen, ohne auf kommerzielle Quellen angewiesen zu sein.
Die Autoren haben die tRNA-Array-Methode Version 2 entwickelt, die durch Sequenzmodifikationen und die Einführung einer Leader-Sequenz die Übersetzungsaktivität von 21 gleichzeitig synthetisierten tRNAs auf das Niveau individuell hergestellter tRNAs anhebt und somit eine verbesserte Plattform für selbstreproduzierbare Genexpressionssysteme bietet.
Die Forscher entwickelten eine Methode zur lichtgesteuerten Aktinpolymerisierung in künstlichen Zellen (GUVs), die es diesen ermöglicht, sich durch die Bildung von Membranfortsätzen gerichtet zu bewegen und so ein grundlegendes Prinzip der Zellmotilität in einem synthetischen System nachzuahmen.
Die Studie zeigt, dass eine vorübergehende Abschwächung der kontraktilen Kraft in epithelialen Zellen deren Migrationsverhalten durch eine Umprogrammierung der Zellmorphologie, -mechanik und der ERK-Signalgebung in einen protrusionsgetriebenen, leader-ähnlichen Zustand umwandelt, was zur Verflüssigung des Gewebes führt.
In dieser Studie wurde gezeigt, dass durch Protein-Engineering modifizierte Curli-Fasern des probiotischen Bakteriums *E. coli* Nissle 1917, insbesondere durch die Fusion mit dem direkten TLR2-Antagonisten SSL3, die übermäßige Aktivierung des angeborenen Immunsystems wirksam unterdrücken und somit als programmierbare Schnittstelle zur Steuerung von Wirt-Mikrobiom-Interaktionen an Schleimhäuten dienen können.
Diese Studie kombiniert automatisierte Flüssigkeitsbehandlung mit Active Learning, um die Zusammensetzung des PURE-Systems effizient zu optimieren, wodurch eine bis zu dreifache Steigerung der Proteinproduktion erreicht und gezeigt wird, dass die optimalen Bedingungen sowie die Auswirkungen auf die Genexpression sowohl von der DNA-Konzentration als auch von der spezifischen Zielgen-Sequenz abhängen.
In dieser Studie wurde die Biosynthese von Ethylenglykol aus Xylose in gentechnisch veränderten E. coli durch eine zweistufige dynamische Kontrollstrategie optimiert, die bei einer verbesserten Strain-Leistung zu einer Ausbeute von 92 % der theoretischen Grenze (140 g/L in 70 Stunden) in Fed-Batch-Bioreaktoren führte.
Die Studie stellt eine neue Methode vor, bei der endogene intronische RNAs als Auslöser für konditionale gRNAs dienen, um die CRISPR/Cas9-vermittelte Geneditierung präzise auf Zellen zu beschränken, die das Zielgen exprimieren, und so unerwünschte Off-Target-Effekte in vivo zu minimieren.
Das Paper stellt CombinGym vor, eine Benchmark-Plattform mit 14 Datensätzen, die darauf abzielt, den Einfluss von Messrauschen und Trainingsstrategien auf maschinelles Lernen für kombinatorische Proteinvarianten zu analysieren und durch hierarchische Datensplits sowie experimentelle Validierung zu zeigen, wie niedrigere Mutationsordnungen die Vorhersage höherer Ordnungen verbessern.
Dieser Artikel beschreibt die systematische Entwicklung robuster, zweieingangsiger AND-Schalter in *Escherichia coli* durch die Kombination optimierter Marionette-Transkriptionsfaktoren mit maßgeschneiderten Promotor-Architekturen, wodurch praktische Designregeln zur Überwindung von Leckage und Kontextabhängigkeiten bei der Integration mehrerer regulatorischer Signale etabliert wurden.
Die Studie zeigt, dass die Aktivität der Phenylalanin-Ammoniak-Lyase in gentechnisch veränderten *Lacticaseibacillus rhamnosus* GG durch Substrattransportlimitierungen eingeschränkt ist, die durch den heterologen Transporter-Expressionsansatz, nicht jedoch durch chemische Behandlung, signifikant überwunden werden können.
Das Cepeda-Framework ist ein computergestütztes, modulares und sicherheitsorientiertes präklinisches Forschungsprogramm, das auf 21.000 Simulationszyklen basiert und einen integrierten Ansatz zur koordinierten Behandlung aller 12 offiziellen Alterungsmerkmale durch eine stoichiometrisch optimierte, durch multiple Sicherheitsmechanismen geschützte partielle Reprogrammierung vorschlägt, der jedoch noch keiner experimentellen Validierung unterzogen wurde.
Diese Studie charakterisiert sieben chemisch induzierbare Promotoren in *Zymomonas mobilis*, wobei insbesondere die neu untersuchten Paare VanRAM-PvanCC und CinRAM-Pcin als vielversprechende Werkzeuge für die genetische Modifikation dieses Bakteriums identifiziert wurden.
Diese Studie demonstriert, dass gentechnisch veränderte Escherichia coli-Bakterien durch einen lokal codierten Lernmechanismus, der Plasmid-Kopienzahlen als Gewichte nutzt und durch Wachstumsverzerrung aktualisiert wird, physisches Lernen in lebender Materie ermöglichen und so adaptive biologische Hardware für verteilte Berechnungen und Therapien schaffen.
Diese Studie demonstriert die Vielseitigkeit bakterieller Mikrokompartment-Schalen als modulare Plattform für die eingeschlossene Biokatalyse, indem sie erfolgreich 16 Dehydrogenasen mittels des SpyCatcher-SpyTag-Systems in vitro einhüllt, deren Stabilität und Aktivität verbessert sowie die kooperative Funktion mehrerer Enzyme innerhalb einer einzigen Schale nachweist.
Diese Studie stellt eine umfassende Plattform zur maßgeschneiderten Herstellung funktionalisierter PHA-Nanopartikel mit *Cupriavidus necator* vor, die durch genetische Optimierung der PhaC-Synthasen, nachhaltige Co-Kultur-Bioprozesse und die SpyTag-SpyCatcher-Proteinfusionstechnologie eine vielseitige Anwendung in Bereichen wie Wirkstofftransport und Biosensoren ermöglicht.
Die Studie zeigt, dass die CRISPR-Cas9-Effizienz stark kontextabhängig ist und sich über verschiedene Spezies hinweg nicht durch ein universelles Modell vorhersagen lässt, da dominante Einflussfaktoren wie gRNA-Konkurrenz und lokale geometrische Eigenschaften variieren, während Reparaturergebnisse hingegen konserviert bleiben.
Die Autoren haben ihre Arbeit über Escherichia coli Microcin B17 als Gerüst für neue antimikrobielle Peptide zurückgezogen, da sich die Bioaktivität der isolierten Peptide nicht bestätigen ließ und diese wahrscheinlich mit Antibiotika kontaminiert waren.
Die Autoren stellen ein verbessertes und standardisiertes Plasmid-Toolkit vor, das die Implementierung der mSwAP-In-Methode für das effiziente Schreiben großer DNA-Abschnitte in den Genom mammaler Zellen durch die Bereitstellung optimierter Vektoren und Hilfsreagenzien vereinfacht.